<div dir="auto">After looking for <a href="http://ic.pl">ic.pl</a> and not finding it, I clicked on it. You see it in hypertext. Again found nothing. Everyone seems to agree the code is a decade old. Perhaps it is an api call to nothing and should be ignored.<div dir="auto">Can you find the test program or compile without it? It may be non existant. </div><div dir="auto">Jonathan Engwall</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Nov 23, 2020, 6:13 AM Michael Di Domenico <<a href="mailto:mdidomenico4@gmail.com">mdidomenico4@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">if you're referencing this module<br>
<br>
<a href="https://metacpan.org/changes/distribution/Parallel-MPI-Simple" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://metacpan.org/changes/distribution/Parallel-MPI-Simple</a><br>
<br>
which hasn't been updated since 2011, i would suspect there's<br>
something wrong in the perl<->mpi library exchange that will prevent<br>
this from working.<br>
<br>
i have a vague recollection of trying this way back when and it barely<br>
worked back then.<br>
<br>
i can't suggest a solution though, i'm not sure i understand what<br>
you're trying to do.<br>
<br>
On Fri, Nov 20, 2020 at 4:43 PM David Mathog <<a href="mailto:mathog@caltech.edu" target="_blank" rel="noreferrer">mathog@caltech.edu</a>> wrote:<br>
><br>
> I'm hoping one of you has been to the end of this road already and can<br>
> point out what is going wrong.<br>
><br>
> I have some perl scripts which have been carried along for a couple of<br>
> decades now which use PVM to start simple jobs on the compute nodes, wait<br>
> for them to finish (listing jobs as they close out), and then cleans<br>
> up.  Since this is the only thing which PVM is used for it seemed like it<br>
> might be (way past) time to migrate that to MPI, specifically OpenMPI<br>
> 4.0.1, which is what is on the cluster.<br>
><br>
> There are apparently tricks required, either that, or the test script<br>
> does not run on a single standalone machine, or perhaps OpenMPI is not<br>
> configured right?<br>
><br>
> There are already modules for OpenMPI and bioperl, and I decided to<br>
> install Parallel::MPI::Simple into the latter, since it holds all the perl<br>
> modules which were not installed with dnf on this CentOS 8 system.  Like so:<br>
><br>
>    module load bioperl<br>
>    module load OpenMPI<br>
>    cd /usr/common/src/perl_modules<br>
>    cpanm -l $ROOT_BIOPERL Parallel::MPI::Simple 2>&1 \<br>
>      | tee install_perl_parallel_mpi_simple_2020_11_20.log<br>
><br>
> (no errors or warnings).<br>
><br>
> There is a little test program "<a href="http://ic.pl" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">ic.pl</a>" which comes with Parallel::MPI::Simple,<br>
> however just invoking it turns up that it cannot find Simple.so.  I have<br>
> been down this road before with Perl and MPI with the "Maker" program -<br>
> some libraries must be preloaded or they just will not be found by Perl.<br>
> Once that is done all the missing library and symbol errors go away.  But it still does not run:<br>
><br>
> LD_PRELOAD=/usr/common/modules/el8/x86_64/software/bioperl/1.7.7-CentOS-vanilla/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/auto/Parallel/MPI/Simple/Simple.so:/opt/ompi401/lib/libmpi.so<br>
> $ROOT_BIOPERL/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/Parallel/MPI/<a href="http://ic.pl" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">ic.pl</a><br>
> [poweredge:04423] *** An error occurred in MPI_Send<br>
> [poweredge:04423] *** reported by process [603979777,0]<br>
> [poweredge:04423] *** on communicator MPI_COMM_WORLD<br>
> [poweredge:04423] *** MPI_ERR_RANK: invalid rank<br>
> [poweredge:04423] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator<br>
> will now abort,<br>
> [poweredge:04423] ***    and potentially your MPI job)<br>
><br>
><br>
> Any idea what might be wrong here?<br>
><br>
> Also, searching turned up very little information on using MPI with perl.<br>
> (Lots on using MPI with other languages of course.)<br>
> The Parallel::MPI::Simple module is itself almost a decade old.<br>
> We have a batch manager but I would prefer not to use it in this case.<br>
> Is there some library/method other than MPI which people typically use<br>
> these days for this sort of compute cluster process control with Perl<br>
> from the head node?<br>
><br>
> Thanks,<br>
><br>
> David Mathog<br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
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