<div dir="ltr"><div>I like the idea of environment modules (or refresh). What's the downside? </div><div><br></div><div>thanks,</div><div>Steven</div></div><br><div class="gmail_quote"><div class="gmail_attr" dir="ltr">On Wed, 21 Aug 2019 at 09:01, David Mathog <<a href="mailto:mathog@caltech.edu">mathog@caltech.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid">On 2019-08-20 13:33, David Mathog wrote:<br>
> Turns out EasyBuild has many of the software packages in question, so<br>
> EasyBuild+Lmod looks like the winner here.<br>
<br>
Easybuild - simple to use - not very quick though.<br>
<br>
   scl enable devtoolset-7 'eb Jellyfish-1.1.12-foss-2018b.eb --robot'<br>
<br>
has been running for half an hour already.  The devtoolset was a waste <br>
of keystrokes - it insists on using every single tool from its <br>
foss-2018b collection, even though near equivalents exist, some of which <br>
are older than what is on the system.  (ie flex 2.6.4b vs. 2.5.37-6, a <br>
complete copy of python 2.7 instead of the one already present, gcc <br>
7.3.0 instead of the existing 7.3.1).  That build is closing in on 6 Gb <br>
even though a "native" Centos 7 build of Jellyfish is only 26.7Mb.  When <br>
Easybuild finishes its jellyfish binaries will probably be the same <br>
size.<br>
<br>
Anyway,  yet another example of "portability by duplicating most of an <br>
OS". Very unclear to me if "foss-2018b" is any better than Centos 7 + <br>
devtoolset-7, but the latter isn't an Easybuild option.<br>
<br>
Thank goodness we don't have this philosophy for cars, can you imagine?  <br>
You leave a Corolla to have an aftermarket stereo installed and come <br>
back to find most of a Camry bolted to the roof!<br>
<br>
Regards,<br>
<br>
David Mathog<br>
<a href="mailto:mathog@caltech.edu" target="_blank">mathog@caltech.edu</a><br>
Manager, Sequence Analysis Facility, Biology Division, Caltech<br>
_______________________________________________<br>
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</blockquote></div>