<div dir="auto">Hi all,<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Under normal circumstances I would agree that the request for all 48 cores in the machine is overkill but this particular machine has a highly specialised FPGA card in it to do most of the heavy lifting when running a specific set of analysis that has been tuned to run with the card. It can only run 1 job at a time and the node itself didn't implement the normal central software mount by design so there isn't the temptation to run normal jobs on it and block the use of the FPGA.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Nick</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 7 Dec 2017 5:35 AM, "Tim Cutts" <<a href="mailto:tjrc@sanger.ac.uk">tjrc@sanger.ac.uk</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Of course, if you charge for your cluster time, that hurts them in the wallet, since they pay for all the allocated unused time.  If you don’t charge (which is the case for us) it’s hard to incentivise them not to do this.  Shame works, a bit.  We publish cluster analytics showing CPU efficiency and memory efficiency league tables for the users, and that has had some good effects in the past...<br>
<br>
Tim<br>
<div class="elided-text"><br>
> On 6 Dec 2017, at 18:20, David Mathog <<a href="mailto:mathog@caltech.edu">mathog@caltech.edu</a>> wrote:<br>
><br>
> on Wed, 06 Dec 2017 21:39:20 +1100 Chris Samuel wrote:<br>
>> If this is, as I suspect is likely, bioinformatics code it could well be that<br>
>> it is a pipeline type application and only part of the application may be able<br>
>> to make use of parallelism (and then might not be very good at it).<br>
><br>
> Exactly.  Super frustrating to set something like '--cpus=40' and then watch the resulting heap of programs sit for long periods of time (hours, not seconds) running only on a single CPU.<br>
><br>
> Regards,<br>
><br>
> David Mathog<br>
> <a href="mailto:mathog@caltech.edu">mathog@caltech.edu</a><br>
> Manager, Sequence Analysis Facility, Biology Division, Caltech<br>
> ______________________________<wbr>_________________<br>
> Beowulf mailing list, <a href="mailto:Beowulf@beowulf.org">Beowulf@beowulf.org</a> sponsored by Penguin Computing<br>
> To change your subscription (digest mode or unsubscribe) visit <a href="http://www.beowulf.org/mailman/listinfo/beowulf" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.beowulf.org/<wbr>mailman/listinfo/beowulf</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</div><font color="#888888">--<br>
 The Wellcome Trust Sanger Institute is operated by Genome Research<br>
 Limited, a charity registered in England with number 1021457 and a<br>
 company registered in England with number 2742969, whose registered<br>
 office is 215 Euston Road, London, NW1 2BE.<br>
</font><div class="elided-text">______________________________<wbr>_________________<br>
Beowulf mailing list, <a href="mailto:Beowulf@beowulf.org">Beowulf@beowulf.org</a> sponsored by Penguin Computing<br>
To change your subscription (digest mode or unsubscribe) visit <a href="http://www.beowulf.org/mailman/listinfo/beowulf" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.beowulf.org/<wbr>mailman/listinfo/beowulf</a><br>
</div></blockquote></div><br></div>