<div dir="ltr">Are you logging something goes to the disk in the local case, but that is competing for network bandwidth when NFS mounting?</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 13, 2017 at 2:15 PM, Scott Atchley <span dir="ltr"><<a href="mailto:e.scott.atchley@gmail.com" target="_blank">e.scott.atchley@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Are you swapping?</div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 13, 2017 at 2:14 PM, Andrew Latham <span dir="ltr"><<a href="mailto:lathama@gmail.com" target="_blank">lathama@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">ack, so maybe validate you can reproduce with another nfs root. Maybe a lab setup where a single server is serving nfs root to the node. If you could reproduce in that way then it would give some direction. Beyond that it sounds like an interesting problem.</div><div class="gmail_extra"><div><div class="m_7604217799998711846h5"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 13, 2017 at 12:48 PM, Prentice Bisbal <span dir="ltr"><<a href="mailto:pbisbal@pppl.gov" target="_blank">pbisbal@pppl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Okay, based on the various responses I've gotten here and on other lists, I feel I need to clarify things:<br>
<br>
This problem only occurs when I'm running our NFSroot based version of the OS (CentOS 6). When I run the same OS installed on a local disk, I do not have this problem, using the same exact server(s).  For testing purposes, I'm using LINPACK, and running the same executable  with the same HPL.dat file in both instances.<br>
<br>
Because I'm testing the same hardware using different OSes, this (should) eliminate the problem being in the BIOS, and faulty hardware. This leads me to believe it's most likely a software configuration issue, like a kernel tuning parameter, or some other software configuration issue.<br>
<br>
These are Supermicro servers, and it seems they do not provide CPU temps. I do see a chassis temp, but not the temps of the individual CPUs. While I agree that should be the first thing I look at, it's not an option for me. Other tools like FLIR and Infrared thermometers aren't really an option for me, either.<br>
<br>
What software configuration, either a kernel a parameter, configuration of numad or cpuspeed, or some other setting, could affect this?<span class="m_7604217799998711846m_5099190104119760613HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Prentice</font></span><span class="m_7604217799998711846m_5099190104119760613im m_7604217799998711846m_5099190104119760613HOEnZb"><br>
<br>
On 09/08/2017 02:41 PM, Prentice Bisbal wrote:<br>
</span><span class="m_7604217799998711846m_5099190104119760613im m_7604217799998711846m_5099190104119760613HOEnZb"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Beowulfers,<br>
<br>
I need your assistance debugging a problem:<br>
<br>
I have a dozen servers that are all identical hardware: SuperMicro servers with AMD Opteron 6320 processors. Every since we upgraded to CentOS 6, the users have been complaining of wildly inconsistent performance across these 12 nodes. I ran LINPACK on these nodes, and was able to duplicate the problem, with performance varying from ~14 GFLOPS to 64 GFLOPS.<br>
<br>
I've identified that performance on the slower nodes starts off fine, and then slowly degrades throughout the LINPACK run. For example, on a node with this problem, during first LINPACK test, I can see the performance drop from 115 GFLOPS down to 11.3 GFLOPS. That constant, downward trend continues throughout the remaining tests. At the start of subsequent tests, performance will jump up to about 9-10 GFLOPS, but then drop to 5-6 GLOPS at the end of the test.<br>
<br>
Because of the nature of this problem, I suspect this might be a thermal issue. My guess is that the processor speed is being throttled to prevent overheating on the "bad" nodes.<br>
<br>
But here's the thing: this wasn't a problem until we upgraded to CentOS 6. Where I work, we use a read-only NFSroot filesystem for our cluster nodes, so all nodes are mounting and using the same exact read-only image of the operating system. This only happens with these SuperMicro nodes, and only with the CentOS 6 on NFSroot. RHEL5 on NFSroot worked fine, and when I installed CentOS 6 on a local disk, the nodes worked fine.<br>
<br>
Any ideas where to look or what to tweak to fix this? Any idea why this is only occuring with RHEL 6 w/ NFS root OS?<br>
<br>
</blockquote>
<br></span><div class="m_7604217799998711846m_5099190104119760613HOEnZb"><div class="m_7604217799998711846m_5099190104119760613h5">
______________________________<wbr>_________________<br>
Beowulf mailing list, <a href="mailto:Beowulf@beowulf.org" target="_blank">Beowulf@beowulf.org</a> sponsored by Penguin Computing<br>
To change your subscription (digest mode or unsubscribe) visit <a href="http://www.beowulf.org/mailman/listinfo/beowulf" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.beowulf.org/mailman<wbr>/listinfo/beowulf</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div></div></div><span>-- <br><div class="m_7604217799998711846m_5099190104119760613gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">- Andrew "lathama" Latham <a href="mailto:lathama@gmail.com" target="_blank">lathama@gmail.com</a> <a href="http://lathama.org" target="_blank">http://lathama.com</a> -</div></div></div></div>
</span></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Beowulf mailing list, <a href="mailto:Beowulf@beowulf.org" target="_blank">Beowulf@beowulf.org</a> sponsored by Penguin Computing<br>
To change your subscription (digest mode or unsubscribe) visit <a href="http://www.beowulf.org/mailman/listinfo/beowulf" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.beowulf.org/mailman<wbr>/listinfo/beowulf</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>