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<div class="gmail_quote">On 27 November 2013 12:01, Peter Clapham <span dir="ltr"><<a href="mailto:pc7@sanger.ac.uk" target="_blank">pc7@sanger.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT:#ccc 1px solid;MARGIN:0px 0px 0px 0.8ex;PADDING-LEFT:1ex" class="gmail_quote">
<div class="HOEnZb">
<div class="h5"><br>In the bio-informatics arena the local software half life is<br>approximately 6-12 months. This, along with the wide range of<br>applications in use rapidly creates an environment where users can cross<br>

link or pick up binaries or libraries that they weren't expecting.<br>Rolling containers with predefined environments would not only<br>potentially alleviate these potential pitfalls BUT they could provide an<br>environment in which data can be re-analysed at a future date in against<br>

the same pre-defined environment.<br></div></div></blockquote>
<div>Peter, that's very very interesting!</div>
<div> </div>
<div>I must say that I first started thinking along these lines when working in High Energy Physics.</div>
<div>Predating Docker by a loooooongggg way, I though VMs.</div>
<div>At the time, the CERN LHC analysis depended on running on Redhat Linux, on a version which </div>
<div>was going out of date, or had already gone out of date (can;t remember the version).</div>
<div>Hence the creation of Fermi/CERN Linux.</div>
<div>I thought that instead of physically installing what was soon to be an out-of-date distro on 1000s' of machines,</div>
<div>wouldn't it be better to have a VM which you were sure would haev all the libraries and dependencies for your</div>
<div>environment, and then ship it off to remote centres.</div>
<div>Of course this is being done today.</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Regarding ISV codes, today you frequently see a vendor supplying an entire tree of software,</div>
<div>complete with an MPI  plus a version of Python with libraries, plus X, Y,Z.</div>
<div>They do this because they have to ship software which works to users, and don't want the inevitable</div>
<div>'Oh - my sysadmin installed Python 2.7 and your software does not work with that' type of query.</div>
<div>I don't see that it is that far a step to packaging up Docker containers.</div>
<div> </div>
<div>(Sorry - don't mean to single out Python here - I've just been workign with it for the past few days).</div>
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