<br><font size=2><tt>beowulf-bounces@beowulf.org wrote on 12/13/2007 06:50:28
PM:<br>
<br>
> This reminds me of a similar issue I had.  What approaches do
you <br>
> take for large dense matrix multiplication in MPI, when the matrices<br>
> are too large to fit into cluster memory?  If I hack up something
to<br>
> cache intermediate results to disk, the IO seems to drag everything
<br>
> to a halt and I'm looking for a better solution.  I'd like to
use <br>
> some libraries like PETSc, but how would you work around memory <br>
> limitations like this (short of building a bigger cluster)? <br>
> <br>
</tt></font>
<br><font size=2><tt>Dear Peter, </tt></font>
<br>
<br><font size=2><tt>There are many algorithms for Matrix operations that
depend on the properties of the matrix and the operation.</tt></font>
<br><font size=2><tt>You can easily add writing to a tmpfs RAM disk filesystem
to speed methods that involve reading and writing of temporary files.  <br>
</tt></font>
<br><font size=2><tt>So what I do now is take those old Fortran codes that
read and write files and keep the intermediate result files in ramdisk.
</tt></font>
<br><font size=2><tt><br>
</tt></font><font size=2 face="sans-serif">------<br>
Sincerely,<br>
<br>
   Tom Pierce<br>
   </font>
<br>